За Отделением закреплены следующие основные направления деятельности:

• органический синтез функционально замещенных гетероциклических, ароматических и алифатических соединений;
• физическая химия ионообменных и экстракционных процессов;
• химия и физическая химия полимеров специального назначения;
• исследование поверхностных явлений в дисперсных системах;
• исследование структуры и функций важнейших биополимеров и низкомолекулярных биорегуляторов;
• разработка, создание и опытно-промышленный выпуск иммунохимических и молекулярно-биологических наборов реактивов для медицинской и ветеринарной диагностики;
• разработка и производство фармацевтических субстанций и готовых лекарственных форм;
• создание новых химически активных систем и устройств для технологических и экологических нужд (подготовка и очистка воды, воздуха, защита от коррозии и др.);
• создание средств защиты и стимулирования роста растений;
• комплексная переработка хлорсодержащих солей и отходов их производства;
• разработка научных основ природопользования, охраны окружающей среды, прогнозирование и оптимизация антропогенных воздействий на природные комплексы, региональная геология, комплексное использование полезных ископаемых, технологии переработки твердых горючих ископаемых (торф, сапропель, уголь, горючие сланцы).