У истоков формирования почвенных и агрохимических исследований как особой, самостоятельной области знаний, а также создания специального научного учреждения, постоянно и целенаправленно ведущего разработку этого направления, стояли известные белорусские ученые О.К. Кедров-Зихман, Г.И. Протасеня, П.П. Роговой, А.Г. Медведев, С.Н. Иванов, В. М. Пилько, Н.П. Булгаков, В.Н. Четвериков, А. Н. Урсулов, Б.Б. Бельский, А.М. Галковский, В.И. Шемпель, И.М. Курбатов и др. Работу по организации института возглавил академик АН БССР Яков Никитич Афанасьев, который стал первым директором института. В разные годы директорами институтта работали видные и авторитетные ученые – академик АН БССР Павел Прокофьевич Роговой (1958-1962), член-корреспондент АН БССР Сергей Нестерович Иванов (1962-1969), член-корреспондент АН БССР, академик ВАСХНИЛ Тамара Никандровна Кулаковская (1969-1980), академик Иосиф Михайлович Богдевич (1980-2005). С 2006 года институтом руководит академик НАН Беларуси Виталий Витальевич Лапа.В 1981 г. Белорусский НИИ почвоведения и агрохимии за большие заслуги в развитии сельскохозяйственной науки и внедрение научных разработок в производство награжден орденом Трудового Красного Знамени. За большие заслуги в развитии агрохимической науки, подготовке научных кадров Т.Н.Кулаковская удостоена звания Героя Социалистического Труда.
К числу наиболее известных научных разработок, выполненных учеными института можно отнести научно-методическое обеспечение трех туров обследования почв Беларуси, четырех туров бонитировки почв и двух туров кадастровой оценки почв, 12 туров агрохимического обследования почв. Учеными института были подготовлены и изданы почвенная карта и почвенно-эрозионная карта территории Беларуси, проведено почвенно-экологическое районирование, методические указания по оценке степени пригодности почв для возделывания сельскохозяйственных культур. Учеными института создан банк данных агрохимических свойств почв, банк данных агрофизических свойств почв, банк данных генетических свойств почв Республики Беларусь, комплексные программы сохранения и повышения плодородия почв. Широко известны и используются в сельскохозяйственном производстве разработанные учеными института новые формы комплексных минеральных удобрений, жидкие хелатные формы микроудобрений, технологические регламенты применения минеральных удобрений под сельскохозяйственные культуры.
По основным научным направлениям в институте сформированы и развиваются несколько научных школ: по почвоведению (академик АН БССР Роговой П.П., д.с.х.н. Медведев А.Г., академик НАН Беларуси Смеян Н.И., д.с.х.н. Романова Т.А.), агрохимии (член-корреспондент АН БССР Иванов С.Н., академик Кулаковская Т.Н., академик НАН Беларуси Лапа В.В.), по радиоэкологии и агрохимии (академик НАН Беларуси Богдевич И.М.).