Окончил Грозненский нефтяной институт (1963). В 1963-1969 гг. стажер-иследователь, аспирант, младший научный сотрудник, старший научный сотрудник, в 1985-1987 гг. заведующий лабораторией, с 1988 г. заведующий отделом Института физико-органической химии Национальной академии наук Беларуси. С 1999 г. директор Института химии новых материалов Национальной академии наук Беларуси.

Научные работы по физической химии. Открыл новую реакцию оксида углерода с пероксидными радикалами в жидкой фазе с образованием диоксида углерода. Установил, экспериментально подтвердил и количественно охарактеризовал мультдипольное взаимодействие ансамбля полярных групп, оказывающее существенное влияние на реакционную способность кислородсодержащих соединений. Разработал унифицированную методику тестирования различных классов радикальных инициаторов, новые методы и каталитические системы для получения ряда ценных кислородсодержащих соединений (двухатомных фенолов и синтетических жирных кислот). Установил взаимосвязь между химической структурой органических соединений и механизмом формирования соответствующих тонкопленочных материалов, их физико-химическими характеристиками, свойствами и превращениями под влиянием различных инициирующих излучений, специфику протекания радикальных реакций при переходе от жидкой фазы к порошкам и пленкам. Открыл собственный парамагнетизм низкомолекулярных красителей в тонкопленочном состоянии и дал объяснение его природы. Создал методы формирования на твердой поверхности моно- и мультимолекулярных пленок (пленки Ленгмюра-Блоджетт) из индивидуальных органических соединений и их композиций, изучил морфологию поверхности. Разработал принципиально новые фото- и электронорезисты для процессов сухой вакуумной литографии, контрастирующие покрытия для промышленной технологии производства больших интегральных схем, высокочувствительные органические материалы для контроля дефектности металлических изделий электроразрядным способом. Создал поляроидные пленки просветного, полупросветного и отражающего типов, разработал технологии их получения для жидкокристаллических устройств отображения информации. Разработал технологические процессы формирования ориентирующего покрытия для твист-нематических и супер-твист-нематических жидкокристаллических устройств, получения оптически отбеливающих веществ для полимерных материалов, смазочно-охлаждающих жидкостей для металлообработки, клеевых композиций различного функционального назначения и др.

Автор свыше 450 научных работ, в т. ч. 4 монографий, одна из которых переиздана в США, 76 изобретений.

Награжден медалью Франциска Скорины (2000).

Основные труды:
1. Механизм жидкофазного окисления кислородсодержащих соединений. Мн.: Наука и техника, 1975 (совм. с Денисовым Е.Т., Мицкевичем Н.И.).
2. Liquid-Phase Oxidation of Oxygen-Containing Compounds. New York: Consultants Bureau, 1977 (with Denisov E. T., Mitskevich N. I.).
3. Процессы окисления в природе и технике. Мн.: Наука и техника, 1978 (совм. с Мицкевичем Н.И., Арико Н.Г.).
4. Нефть и газ. Добыча, комплексная переработка и использование. Мн.: БГТУ, 2004 (совм. с Косяковым В.К., Ложкиным В.М.).

Литература:
1. Агабеков Владимир Енокович (К 60-летию со дня рождения). // Изв. НАН Беларуси. Сер. хим. наук. 2000, №1.
2. Владимир Енокович Агабеков (К 65-летию со дня рождения). // Изв. НАН Беларуси. Сер. хим. наук. 2005, №1.